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2025-08-18197 次瀏覽
論文 | 不用擴(kuò)增也能測(cè)microRNA?耐思胎牛血清養(yǎng)出的細(xì)胞給出高分答案

文章名稱:Regulating cleavage activity and enabling microRNA detection with split sgRNA in Cas12b

中文名稱:基于Cas12b的分裂型sgRNA,實(shí)現(xiàn)其切割活性調(diào)控,并支持microRNA檢測(cè)

雜志名:Nature Communications

期刊影響因子:15.7

第一作者:Jiaqi Wang

通訊作者:Zhaoxing Liu

發(fā)表日期:2025.07.10

doi:10.1038/s41467-025-61748-4


研究?jī)?nèi)容

內(nèi)容概述:本研究提出了一種將Cas12bsgRNA 拆分為兩個(gè)片段(即“分裂 sgRNA”)的策略。該策略利用通用骨架結(jié)構(gòu)與可定制的 Spacer 區(qū)域相結(jié)合,實(shí)現(xiàn)了對(duì) Cas12b 切割活性的精確調(diào)控。同時(shí),此方法支持無需核酸擴(kuò)增的 microRNA 直接檢測(cè)。研究結(jié)果表明,通過優(yōu)化 sgRNA 結(jié)構(gòu)可有效降低脫靶效應(yīng)并抑制背景切割信號(hào),從而構(gòu)建了一個(gè)具有高靈敏度和高特異性的 microRNA 檢測(cè)平臺(tái)。


研究背景

基因編輯和核酸檢測(cè)領(lǐng)域,Cas12b是一種極具潛力的 CRISPR-Cas 系統(tǒng)。然而,傳統(tǒng) sgRNA 設(shè)計(jì)易引發(fā)背景切割和脫靶效應(yīng),需更精細(xì)的活性調(diào)控策略。同時(shí),作為重要生物標(biāo)志物的 microRNA,其檢測(cè)面臨濃度低、結(jié)構(gòu)復(fù)雜等挑戰(zhàn)。為此,本研究旨在開發(fā)一種新型 sgRNA 架構(gòu),在實(shí)現(xiàn)對(duì) Cas12b 活性精準(zhǔn)調(diào)控的同時(shí),支持無需擴(kuò)增的 microRNA 直接檢測(cè)。


實(shí)驗(yàn)方法與過程

  • sgRNA 分裂設(shè)計(jì):將 sgRNA 拆分為 scaffold 部分與 Spacer 部分分別表達(dá)或組裝。

  • 活性調(diào)控評(píng)估:通過體外Cas12b 切割實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證不同組合,測(cè)定切割效率與背景活性。

  • microRNA 檢測(cè)方案建立:結(jié)合報(bào)告片段和熒光信號(hào)輸出,無需逆轉(zhuǎn)錄擴(kuò)增即可檢測(cè)目標(biāo) microRNA

  • 靈敏度與特異性測(cè)試:在多種microRNA 濃度梯度中測(cè)試檢測(cè)下限與選擇性。


Cas12b的sgRNA和分裂sgRNA的方案概述

 

實(shí)驗(yàn)結(jié)果

  • 活性調(diào)控:成功拆分sgRNA 顯著降低 Cas12b 的非特異背景切割,僅在配對(duì)正確 Spacer 后激活強(qiáng)信號(hào)。

  • 高靈敏檢測(cè):檢測(cè)下限達(dá)到picomolar 級(jí)別,背景噪音較低。

  • microRNA 特異性良好:能區(qū)分近似序列差異較小的 microRNA,通過 Spacer 定制即可切換檢測(cè)目標(biāo)。



結(jié)論

split sgRNA 的設(shè)計(jì)具備普適性,只需更換 Spacer 即可擴(kuò)展至不同 microRNA 或 DNA 靶標(biāo),無擴(kuò)增的檢測(cè)方法可以簡(jiǎn)化流程、降低成本與污染風(fēng)險(xiǎn)。平臺(tái)具備潛力推廣至臨床快速診斷設(shè)備或現(xiàn)場(chǎng)檢測(cè)(POCT)應(yīng)用。未來可與納米載體、光學(xué)傳感設(shè)備等結(jié)合,提升整體檢測(cè)便利性與應(yīng)用范圍。

使用改良的CRISPR-Cas12b 系統(tǒng)檢測(cè) miR-172131 和 92a 的表達(dá)量

使用同樣的檢測(cè)方法檢測(cè)健康人(H.D.15)、結(jié)直腸癌患者術(shù)前(P.D.15 preO) 和 術(shù)后(P.D.15 postO) 血漿總 RNA 中的 miR-172131 和 92a 水平


Cas12b split sgRNA 方法 與傳統(tǒng) RT-qPCR 方法對(duì)比









論文中用到的NEST產(chǎn)品


胎牛血清

實(shí)驗(yàn):細(xì)胞培養(yǎng)

涉及細(xì)胞類型:HCT116,SW480NCM460

在本實(shí)驗(yàn)中,研究人員使用含FBS的培養(yǎng)基分別培養(yǎng)了結(jié)直腸癌細(xì)胞系 HCT116、SW480 及正常腸上皮細(xì)胞系 NCM460,并從中提取 microRNA。隨后,他們利用開發(fā)的 split sgRNA-Cas12b 方法檢測(cè)了 miR-17、miR-21、miR-31 和 miR-92a,并與傳統(tǒng) RT-qPCR 結(jié)果進(jìn)行對(duì)比。結(jié)果顯示,癌細(xì)胞中 microRNA 表達(dá)量顯著高于正常細(xì)胞,兩種方法結(jié)果高度一致。此外,還檢測(cè)了結(jié)直腸癌患者術(shù)前術(shù)后及健康人群血漿中的 microRNA 水平,驗(yàn)證了其在腫瘤診斷和術(shù)后監(jiān)測(cè)中的應(yīng)用潛力。


NEST胎牛血清的優(yōu)勢(shì)



NEST胎牛血清是從牛胎中抽取的血液凝固后剩余的液體部分,通過離心去除細(xì)胞、凝固纖維蛋白原和蛋白以得到血清,含有許多有助于細(xì)胞生長(zhǎng)的成分,包括:如生長(zhǎng)因子、附著因子、激素、轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、脂質(zhì)、糖類、維生素等。


胎牛血清制作流程圖


NEST? 胎牛血清(FBS)國(guó)際高標(biāo)準(zhǔn) × 國(guó)產(chǎn)優(yōu)價(jià)格,一瓶解決細(xì)胞“營(yíng)養(yǎng)焦慮”
NEST所有批次的胎牛血清均經(jīng)過嚴(yán)格的無菌、支原體和病毒檢測(cè)。每一批次的血清也會(huì)在以下細(xì)胞系上進(jìn)行細(xì)胞生長(zhǎng)、平板效率和克隆效率測(cè)試:HeLa、L929、SP2/O-AG14、MRC-5經(jīng)過認(rèn)證和特別認(rèn)證的血清還需要進(jìn)行一系列額外的測(cè)試,包括內(nèi)毒素、化學(xué)成分、蛋白電泳和放射免疫擴(kuò)散檢測(cè)等。
?來源可靠:采自健康胎牛心臟無菌穿刺血,低抗體、低補(bǔ)體,從源頭降低免疫干擾。
?成分豐富: 富含生長(zhǎng)因子(EGF、FGF、IGF 等)、附著蛋白(Fibronectin、Vitronectin)及激素、微量元素,滿足貼壁、懸浮、干細(xì)胞、原代細(xì)胞等多場(chǎng)景需求。
?質(zhì)量嚴(yán)控:0.1 μm 三級(jí)過濾 + 10 項(xiàng)放行檢測(cè):無菌、支原體、病毒、總蛋白質(zhì)量:40±5g/L、內(nèi)毒素<5 EU/mL、血紅蛋白<30 mg/100 mL,批間差異≤10 %。
?性能驗(yàn)證:HeLa、L929、SP2/0-AG14、MRC-5 多重細(xì)胞生長(zhǎng)/克隆/鋪板實(shí)驗(yàn)確認(rèn)促增殖效率≥80 %,結(jié)果穩(wěn)定可重復(fù)。
?合規(guī)追溯:ISO9001 / ISO13485 / GMP 體系生產(chǎn),每瓶唯一批號(hào),完整溯源鏈支持 SCI 論文及 IND 申報(bào)。

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